Emparejamiento de patrones con huecos acotados en secuencias genómicas

Abstract

Recientemente, se introdujeron algunos algoritmos de coincidencia de patrones que permitían espacios en Crochemore et al. [Coincidencia aproximada de cadenas con espacios. Nordic Journal of Computing, 9(2002):54–65, 2002], donde se consideraron las brechas con límites superiores, límites estrictos y sin límites. En este documento, ampliamos aún más estas restricciones sobre las brechas para permitir brechas con límites inferiores y (inferior-superior) a las que simplemente nos referimos como brechas con límites (a,b). Damos definiciones formales para estos problemas así como sus respectivas soluciones algorítmicas.